La Chiesa del SS. Crocifisso fu costruita nel 1745 dalla famiglia Filangeri sul limite della Regia Trazzera (Palermo-Agrigento) e fu dedicata a San Antonio di Padova. Oltre che a luogo di culto, fino all’anno 1874, fu adibita a cimitero. Nel 1874, dopo che Villafrati fu collegata alla nuova strada statale 121 e quindi dopo che fu abolita la Regia trazzera, la Chiesa di San Antonio fu abbattuta e ricostruita, a spese del popolo. Dopo la ricostruzione, la Chiesa fu dedicata al SS. Crocifisso, di cui già si celebrava, da più di un secolo, la festa la terza domenica di settembre.